Po długich wakacjach Mario w końcu powrócił do Grzybowego Królestwa. Jednak wiele się tutaj zmieniło, ponieważ Bowser użył mocy gwiazd z fragmentami magicznych kryształów, by stać się niepokonany.

Kiedy się już taki stał, zaatakował obserwatorium księżniczki Rosaliny porywając ją. Na szczęście Mario znalazł portal gwiezdny prowadzący do kosmicznej fortecy Bowsera. Decyduje się wyruszyć na przygodę w celu ocelenia księżniczki.